Gerencia de Investigación Ambiental: Garante del conocimiento científico en pro del saneamiento del Lago de Maracaibo. Para realizar esta tarea dispone de equipos altamente sofisticados como El Bergantín, barco-laboratorio; la Unidad Móvil de Calidad de Aire, única en Latinoamérica; y la más avanzada tecnología en el Laboratorio Ambiental, acreditado con la Norma ISO/ IEC17025:2005

Cuenta con cuatro divisiones: Calidad de Agua, Hidrobiología, Calidad de Aire, Desechos Tóxicos y Laboratorio Ambiental.

Gerencia de Ecología Humanal: Se encargada de atender, evaluar y aportar soluciones a los problemas de salud ambiental de las comunidades de la Cuenca del Lago de Maracaibo. Con el propósito de evitar el incremento del número de afectados por la contaminación de origen ambiental, tales como: Enfermedades respiratorias, hídrica, Parasitarias y enfermedades de la piel. 

Cuenta con dos divisiones: Servicios Médicos y Laboratorio.

Gerencia de Infraestructura: Es y quiere mantenerse como un equipo de trabajo en el desarrollo de la inspección de obras, asesoramiento de la toma de decisiones, dar apoyo experto a las diferentes instituciones y ratificar el asesoramiento a las comunidades a través de los Consejos Comunales, para el logro del mejoramiento de la calidad de vida mediante el adiestramiento en el manejo de obras de baja complejidad y desarrollos de proyectos para la comunidad que permitan como objetivo final el saneamiento del Lago.

Cuenta con tres divisiones: Protección y Saneamiento Ambiental, Operación Mantenimiento y Control de sistemas de Tratamiento y Supervisión de Proyectos y Construcción de Obras.

Gerencia de Información y Educación Ambiental: Es responsable de ejecutar el proyecto más ambicioso para recuperar el Lago de Maracaibo: sensibilizar a la población. Para ello mantiene contacto con la sociedad civil y la comunidad, brindándoles apoyo y organizando actividades de calle, seminarios y eventos para trabajar colectivamente en pro del Lago de Maracaibo. 

Cuenta con tres divisiones: Información y Relaciones Institucionales, Educación Ambiental y Documentación.

Centro de Información y Documentación: Administra toda la información proveniente de la actividad que desarrollan las diferentes Gerencias del ICLAM en la Cuenca Hidrográfica del Lago de Maracaibo, así como las producidas por las fuentes externas tales como: Revistas, Libros, Boletines, Tesis de Grado, etc.; con la finalidad de ponerlas al servicio de los usuarios que acuden al CID, a través de modernas técnicas de archivo e informática.

Horario de Atención: LUNES A VIERNES: 8:00 a.m. a 12:00m. /1:00 p.m. a  4:30 p.m.

Gerencia de Control y Auditoria Ambiental: Realiza un adecuado control ambiental y brinda asistencia técnica al parque industrial de la Cuenca, a fin de orientarlos sobre los mecanismos y/o acciones que deben emprender para lograr minimizar sus residuos industriales, los cuales constituyen los factores de la contaminación acelerada que experimenta actualmente el Lago de Maracaibo y su Cuenca Hidrográfica.

Sala Situacional: Tiene por objetivo contribuir a elevar la capacidad de respuesta de la Institución a las exigencias del entorno interno y las demandas sociales, las cuales requieren de decisiones pertinentes y eficaces para el abordaje de las situaciones ordinarias y/o extraordinarias que emergen de la relación de Institución - Sociedad.